Наряду с преподавательской деятельностью занималась лечебной работой на базе инфарктного отделения МУЗ «2-я горбольница». В 1983 году в институте кардиологии им А.Л. Мясникова ВКНЦ АМН СССР защитила кандидатскую диссертацию на тему «Выявление и длительное лечение больных с ИБС с нарушениями желудочкового ритма».
В 1986 году она была переведена на должность доцента, в 1988 г получила аттестат доцента. Более 20 лет занимается разработкой безлекарственных методов лечения заболеваний внутренних органов.
В 1992 году в ММА им. И.М. Сеченова защитила диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук «Лазерно-магнитная терапия нейроциркуляторной дистонии», в 1996 году стала профессором.
1988 г была награждена Почётной Грамотой Министерства высшего и среднего специального образования СССР, в 2000 г – Почетной Грамотой Министерства здравоохранения РФ.
Ею опубликовано более 190 печатных трудов, в том числе 1 монография, более 30 методических пособий. Является соавтором 8 патентов России Под её руководством защищено 3 кандидатских диссертации.
Профессор Сапожникова А.А в 2004 году избрана член-корр. Евроазиатской академии медицинских наук.
